Auch auf Ebene der Institute, Seminare und Kliniken existieren verschiedene Gremien, die ständisch organisiert sind. Die Rahmeninstitutsordnung gibt die Beteiligung der Stände in den "Institutsversammlungen (IV)" vor, die einzelnen Institutsordnungen regeln die Anzahl der Delegierten der Stände *.

An der UZH gibt es (Stand März 2020) insgesamt 122 Institute, Seminare und Kliniken, nicht eingerechnet die Zentren und die assoziierten Institute.

Bei den meisten hier aufgeführten Instituten, Seminaren und Kliniken ist die Institutsversammlung mit ständischer Beteiligung in der IO verankert.
Diese Aufzählung ist nicht vollständig, was die weiteren Gremien der Institute, Seminare und Kliniken anbetrifft, bspw. "EDV-Kommission", "Bibliothekskommission" oder "Lehrkommission".

Kursiv gesetzte Einheiten sind noch in Abklärung.

• Seminarversammlung Theologisches Seminar
• Seminarversammlung Religionswissenschaftliches Seminar

siehe fakultäre Gremien und Kommissionen

• IV Institut für Volkswirtschaftslehre IVW
• IV Institut für Betriebswirtschaftslehre IBW
• IV Institut für Banking und Finance IBF
• IV Institut für Informatik IFI

Sämtliche Einheiten mit dem Zusatz "IV" (Institutsversammlung) führen eine solche:

• Anästhesiologie, Institut für
• IV: Anatomisches Institut
• Angiologie, Klinik für
• Augenklinik
• IV: Biochemisches Institut
• IV: Biomedizinische Ethik und Medizingeschichte, Institut für
• Biomedizinische Technik, Institut für (Uni Zürich und ETHZ)
• Dermatologische Klinik
• Diagnostische und interventionelle Radiologie, Institut für
• IV: Epidemiologie, Biostatistik und Prävention, Institut für
• Endokrinologie, Diabetologie und Klinische Ernährung, Klinik für
• IV: Evolutionäre Medizin, Institut für
• IV: Experimentelle Immunologie, Institut für
• Gastroenterologie und Hepatologie, Klinik für
• Geburtshilfe, Klinik für
• Gefässchirurgie, Klinik für
• Geriatrie, Klinik für
• Gynäkologie, Klinik für
• Hämatologie, Klinik für
• Hausarztmedizin, Institut für
• Herzchirurgie, Klinik für
• IV: Hirnforschung, Institut für
• Immunologie, Klinik für
• IV: Implementation Science and Health Care
• Infektionskrankheiten und Spitalhygiene, Klinik für
• Innere Medizin, Klinik und Poliklinik für
• Intensivmedizin, Institut für
• Kardiologie, Klinik für
• Kinderspital Zürich
• Klinische Chemie, Institut für
• Klinische Pharmakologie und Toxikologie, Klinik für
• komplementäre und integrative Medizin, Institut für
• Konsiliarpsychiatrie und Psychosomatik, Klinik für
• IV: Labortierkunde, Institut für
• IV: Medizinische Genetik, Institut für
• Medizinische Mikrobiologie, Institut für
• IV: Medizinische Molekulargenetik, Institut für
• IV: Medizinische Virologie, Institut für
• IV: Molekulare Krebsforschung, Institut für
• Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie, Klinik für
• Neonatologie, Klinik für
• Nephrologie, Klinik für
• Neurochirurgie, Klinik für
• Neurologie, Klinik für
• Neuropathologie, Institut für
• Neuroradiologie, Klinik für
• Nuklearmedizin, Klinik für
• Ohren-, Nasen-, Hals- und Gesichtschirurgie (ORL), Klinik für
• Onkologie, Klinik für
• Universitätsklinik Balgrist und Schweizerisches Paraplegikerzentrum
• Pathologie und Molekularpathologie, Institut für
• Parasitologie, Institut für
• IV: Pharmakologie und Toxikologie, Institut für
• IV: Physiologisches Institut
• Plastische Chirurgie und Handchirurgie, Klinik für
• Pneumologie, Klinik für
• Psychiatrische Universitätsklinik
• Radio-Onkologie, Klinik für
• Rechtsmedizin, Institut für
• IV: Regenerative Medizin, Institut für
• Reproduktions-Endokrinologie, Klinik für
• Rheumatologie, Klinik für
• Thoraxchirurgie, Klinik für
• Traumatologie, Klinik für
• Urologie, Klinik für
• Viszeral- und Transplantationschirurgie, Klinik für
• IV: Zentrum für Zahnmedizin:
  • ZZM: Zahnerhaltung Präventivmedizin (ZPZ)
  • ZZM: Kaufunktionsstörungen (KFS)
  • ZZM: Kieferorthopädie, Kinderarztmedizin (KO / KZM)
  • ZZM: Rekonstruktion Zahnmedizin (RZM)
  • ZZM: Orale Biologie (IOB)
  • ZZM: Klinik & Poliklinik Oralchirurgie (MKG / OC)
  • ZZM: Allgemein-Behinderten-Seniorenzahnmedizin (ABS)

Sämtliche Einheiten mit dem Zusatz "IV" (Institutsversammlung) führen eine solche:

• IV: Veterinaranatomisches Institut
• IV: Institut für Molekulare Mechanismen bei Krankheiten
• IV: Institut für Veterinärphysiologie
• IV: Institut für Tierernährung
• Institut für Veterinärbakteriologie
• IV: Institut für Parasitologie
• IV: Virologisches Institut
• Abteilung für Epidemiologie
• IV: Institut für Veterinärpathologie
• IV: Institut für Veterinärpharmakologie und -toxikologie
• IV: Institut für Lebensmittelsicherheit und -hygiene
• Institut für Labortierkunde
• IV: Departement für Kleintiere
• IV: Departement für Nutztiere
• IV: Departement für Pferde
• Departement für klinische Diagnostik und Services

Sämtliche Einheiten mit dem Zusatz "IV" (Institutsversammlung) führen eine solche:

• IV: Archäologie, Institut für
• IV: Asien-Orient-Institut
• IV: Computerlinguistik, Institut für
• IV: Deutsches Seminar
• IV: Englisches Seminar
• IV: Erziehungswissenschaft, Institut für
• IV: Filmwissenschaft, Seminar für
• IV: Griechische und Lateinische Philologie, Seminar für
• IV: Historisches Seminar
• IV: Kommunikationswissenschaft und Medienforschung, Institut für
• IV: Kunsthistorisches Institut
• IV: Musikwissenschaftliches Institut
• IV: Philosophisches Seminar
• IV: Politikwissenschaft, Institut für
• IV: Psychologisches Institut
• IV: Romanisches Seminar
• IV: Slavisches Seminar
• IV: Sozialanthropologie und Empirische Kulturwissenschaft, Institut für
• IV: Soziologisches Institut
• IV: Vergleichende Sprachwissenschaft, Institut für

Sämtliche Einheiten mit dem Zusatz "IV" (Institutsversammlung) führen eine solche:

• IV: Anthropologisches Institut und Museum
• IV: Geographie, Institut für
• IV: Chemie, Institut für
• IV: Computergestützte Wissenschaft, Institut für
• IV: Evolutionsbiologie & Umweltwissenschaften, Institut für
• IV: Mathematik, Institut für
• IV: Molekulare Biologie, Institut für
• IV: Pflanzen- und Mikrobiologie, Institut für
• IV: Quantitative Biomedizin, Institut für (Medizininformatik)
• IV: Systematische & Evolutionäre Botanik, Institut für
• IV: Paläontologisches Institut und Museum
• IV: Physik, Institut für