Auch auf Ebene der Institute, Seminare und Kliniken existieren verschiedene Gremien, die ständisch organisiert sind. Die Rahmeninstitutsordnung gibt die Beteiligung der Stände in den "Institutsversammlungen (IV)" vor, die einzelnen Institutsordnungen regeln die Anzahl der Delegierten der Stände *.

An der UZH gibt es (Stand März 2020) insgesamt 122 Institute, Seminare und Kliniken, nicht eingerechnet die Zentren und die assoziierten Institute.

Bei den hier aufgeführten Instituten, Seminaren oder Kliniken ist oder wird gemäss unseren Unterlagen die Institutsversammlung mit Beteiligung der Stände in der Institutsordnung (IO) verankert. Entsprechend werden bei diesen Einheiten jeweils Delegierte des WNW gewählt und entsandt.

• Seminarversammlung Theologisches Seminar
• Seminarversammlung Religionswissenschaftliches Seminar

siehe fakultäre Gremien und Kommissionen

• Institut für Volkswirtschaftslehre IVW
• Institut für Betriebswirtschaftslehre IBW
• Institut für Banking und Finance IBF
• Institut für Informatik IFI

• Anatomisches Institut
• Biochemisches Institut (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Biomedizinische Ethik und Medizingeschichte
• Institut für Epidemiologie, Biostatistik und Prävention (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Evolutionäre Medizin
• Institut für Experimentelle Immunologie (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Hausarztmedizin
• Institut für Hirnforschung
• Institut für Implementation Science in Health Care
• Institut für Labortierkunde (Doppelinstitut Vetsuisse)
• Institut für Medizinische Genetik
• Institut für Medizinische Mikrobiologie
• Institut für Medizinische Molekulargenetik
• Institut für Medizinische Virologie (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Molekulare Krebsforschung (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Pharmakologie und Toxikologie (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Rechtsmedizin
• Institut für Regenerative Medizin
• Physiologisches Institut (Doppelinstitut MNF)
• Institut für Quantitative Biomedizin (Doppelinstitut MNF)
• Zentrum für Zahnmedizin:
  • ZZM: Zahnerhaltung Präventivmedizin (ZPZ)
  • ZZM: Kaufunktionsstörungen (KFS)
  • ZZM: Kieferorthopädie, Kinderarztmedizin (KO / KZM)
  • ZZM: Rekonstruktion Zahnmedizin (RZM)
  • ZZM: Orale Biologie (IOB)
  • ZZM: Klinik & Poliklinik Oralchirurgie (MKG / OC)
  • ZZM: Allgemein-Behinderten-Seniorenzahnmedizin (ABS)

Momentan keine Wahlen auf Institutsebenen.

• Departement für klinische Diagnostik und Services
• Departement Kleintiere
• Departement Nutztiere
• Departement Pferde
• Institut für Lebensmittelsicherheit und -hygiene
• Institut für Molekulare Mechanismen bei Krankheiten
• Institut für Parasitologie
• Institut für Tierernährung
• Institut für Veterinärpathologie (IVPZ)
• Institut für Veterinärpathologie und- toxikologie
• Institut für Veterinärphysiologie
• Tierspital
• Veterinär-Anatomisches Institut
• Veterinärepidemiologie
• Virologisches Institut
• Departement Pathobiologie und Veterinary Public Health (VPH)
• Departement Präklinik

• Asien-Orient-Institut
• Deutsches Seminar 
• Englisches Seminar
• Historisches Seminar
• Institut für Archäologie
• Institut für Computerlinguistik
• Institut für Erziehungswissenschaft
• Institut für Kommunikationswissenschaft und Medienforschung
• Institut für Politikwissenschaft 
• Institut für Sozialanthropologie und Empirische Kulturwissenschaft
• Institut für Vergleichende Sprachwissenschaften
• Kunsthistorisches Institut
• Musikwissenschaftliches Institut
• Philosophisches Seminar
• Psychologisches Institut 
• Romanisches Seminar
• Seminar für Filmwissenschaft
• Seminar für Griechische und Lateinische Philologie
• Slavisches Seminar 
• Soziologisches Institut 

• Anthropologisches Institut und Museum
• Geographisches Institut
• Institut für Chemie
• Institut für Computergestützte Wissenschaften
• Institut für Evolutionsbiologie und Umweltwissenschaften
• Institut für Mathematik
• Institut für Molekulare Biologie
• Institut für Planzen- und Mikrobiologie
• Institut für Systematische und Evolutionäre Botanik
• Paläontologisches Institut und Museum
• Physik-Institut